医院的前身为国家四机部(后为电子部、电子工业部、信息产业部)直属的职工医院,创办于1959年2月,名称先后为401医院、北京酒仙桥医院。医院从创办到发展的过程中,始终得到电子部、信息产业部各级领导和有关兄弟单位的大力关心和支持。1988年建院三十周年之际,时任电子工业部部长的江泽民同志曾为医院题词“在医疗技术方面精益求精更好地为人民健康服务”。1994年被北京市卫生局评定为三级医院和爱婴医院,1995年起被北京市列为大病统筹定点医院、公费医疗定点医院和首批医保定点医院。2003年4月划归国家教育部成为清华大学附属医院。医院多年被评为“首都公共卫生文明单位”。
医院学科齐全、人才荟萃,设有心脏、泌尿、消化三个专科医学中心